本院之組織,主要為負責教學與研究之系所學術單位、研究中心及人文傳播暨社會科學院暨所屬行政單位所組成,並根據特殊任務與功能置設若干委員會。分別為:
一、學術單位:
大學部
社會工作學系、兒童發展與家庭教育學系、人類發展與心理學系、東方語文學系、外國語文學系、傳播學系、國際數位媒體科技學士學位學程
研究所
宗教與人文研究所、教育研究所、社會工作學系碩士班、人類發展與心理學系碩士班、東方語文學系碩士班、傳播學系碩士班。
二、研究中心
慈濟學教學研究中心
三、中心/電台
師資培育中心、外語教學中心、媒體製作暨教學中心、華語中心、實習廣電台
四、行政單位及委員會
院長室綜理本院業務;院以下,設置若干委員會